这是个草食动物与肉食动物共存的世界。 雷格西与食杀同学的凶手激战后，决定退学并独自入住伏兽公寓。路易进入一所知名大学就读，打定主意要好好面对父亲奥古玛。哈鲁试着享受校园生活，但也有诸多挣扎要克服。与此同时，城市里的食杀事件频传，在幕后操纵一切的残忍杀手盯上雷格西与朋友们，邪恶魔爪正步步逼近……
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
在人界，存在着从人们的梦想和希望中横溢而出的力量“纯心”。纯心对魔法界而言，是力量的源泉。邪魔界的邪魔男爵企图征服魔法界，组织起“邪魔邪魔团”（无理太郎、无用子、无望之丞），开发出让人放弃梦想的“放弃之石”，来到了人界。 为了阻止邪魔界的野心，为了保护人们的梦想和希望，魔法界的魔法教母，将提娅拉派往人界。提娅拉经营的宝石商店成为了连接魔法界与人界的桥梁。 提娅拉所带来的魔法战士美月与凛和精灵・魔可喵一起把因“放弃之石”而堕落的人类“弃梦者”净化
忍びの里から抜け出したくノ一さとこは、 街で行き倒れていたところを通りすがりの女子高生このはに救われる。 だがそれも束の間、さとこは里からの追手に見つかってしまう。 しかしそんな追手をあっさりと返り討ちにするこのは。 …なんと彼女の正体は殺し屋だったのだ！ 世間知らずのくノ一と殺し屋女子高生の危ない共同生活がスタート！
